Tres chicas adolescentes japonesa de
distintos colegios que se encontraban en una salida escolar de visita en la Torre Tokio
son transportadas a otro mundo, invocadas por la princesa Esmeralda.
Ese mundo se llama Céfiro y allí les encargan salvar al planeta rescatando a la
princesa de las manos de Zagato. Fuu, Hikaru y Umi son convertidas en Guerreras mágicas
(Magic Knights) por el mago Clef y comienzan así a recorrer el planeta incrementando sus
poderes y habilidades para finalmente despertar a los robots gigantes con los que
combatirán. En la batalla final descubrirán que no fueron traídas a Céfiro por lo que
les dijeron y que nada es exactamente lo que parece.
Varios días han pasado desde el retorno
de las tres chicas a la tierra tras el trágico final de la batalla en Céfiro.
Ellas se encuentran reunidas en la Torre Tokyo recordando lo sucedido cuando son
súbitamente transportadas de nuevo a Céfiro. Pero éste es ahora un planeta muy distinto
al que conocían, se está desintegrando, está oscuro y devastado, sin océanos ni ríos.
Además, seres de tres planetas (Autosam, Siseta y Farem) los quiere invadir. Las
guerreras Mágicas deberán defender a Céfiro nuevamente, y aquí más que nunca será lo
que parece.